11岁的乔纳森（马库斯·瑞格德饰）经常和自己的爷爷一起在一片巨大的树林边上度假，关于这个树林有一个传说：里面居住着巨大的神奇动物。这一年，乔纳森的平静的度假生活被自己的小妹妹索菲打破了，她加入到了乔纳森和爷爷之间，也在这里度假。乔纳森一点都不喜欢这个小妹妹，所以竭尽全力的躲避她。乔纳森“成功”了，一头1000岁的巨熊绑架了索菲。可是这个突如其来的事情完全出乎乔纳森的意料。现在，他只有克服自己的恐惧，步入森林深处，面对着居住在那里的怪物，救出自己的妹妹。

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南（高山みなみ配音）等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南、灰原（林原めぐみ配音）、少年侦探团以及毛利小五郎（小山力也配音）等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好